보고서는 2014년 10월 조 기무사령관 발탁 이후 알자회 출신이 다수 군내 요직에 보임됐다고 주장했다. 조 기무사령관은 육사 34~43기 생도 120여명이 속했던 알자회 회원이었다. 하나회 숙청 이후 사조직 문제에 예민했던 국방부는 1994년 이래 이들에 대해 진급과 보직에 불이익을 줬고, 이에 따라 상당수 알자회 구성원이 군문(軍門)을 떠났다. 남아 있는 장교들도 1, 2차 진급에서 누락된 뒤 간신히 3차 관문을 통과할 정도였다. 조 사령관은 대령으로 진급하고 별 셋을 다는 과정에서 모두 2차 진급했다. 유일무이한 경우다.

그가 기무사령관에 임명됐을 때 ‘비록 20여년 전 일이라고는 해도 군 사조직 전력자를 기강해이 문제를 책임지고 색출해야 할 기무사령관 자리에 앉히는 게 적절하냐’는 비판이 제기됐다. 그가 경북 예천이 고향으로 최경환 전 경제부총리 겸 기획재정부 장관과 대구고 선후배 사이란 점도 뒷말을 낳았지만 조 기무사령관은 이에 굴하지 않았다.

조 기무사령관이 2015년 추석 사흘 전 박근혜 대통령을 독대했으며 격려금까지 받았다는 내용이 보고서에 등장할 정도다. 보고서는 당시는 조 기무사령관이 박흥렬 청와대 경호실장의 신임을 받지 못하던 시기로 이례적이었다고 표현했다.

군의 한 인사는 “탁월한 업무 능력과 포용력 등 조 사령관의 개인적 능력을 누구보다 높게 평가한다”며 “기무사령관이 된 뒤 기무사 개혁을 추진하는 과정에서 불만을 품은 세력의 음해”라고 보고서 내용을 평가절하했다. 반면 다른 군 관계자는 “조 사령관 발탁 때부터 지금까지도 사조직 출신 논란이 이어지는 것으로 해석할 수도 있다”며 “사실 여부를 떠나 이런 보고서가 나돈다는 자체가 군심의 동요로 이어지지 않을까 우려스럽다”고 말했다.